Czyli czytasz to mniej więcej tak bo już nie wiem:
2. Punkty, o których mowa w ust. 1, są przyznawane, (... blabla...), w terminie:
1) 25 dni od dnia, w którym upływa termin składania wniosków o przyznanie płatności, albo
2) do dnia 30 września roku, w którym został złożony wniosek o przyznanie płatności – w przypadku upraw ozimych wysiewanych w roku złożenia tego wniosku.
Czyli, że to jest mowa o terminie przyznawania punktów? Może i masz racje bo gdyby to chodziło o termin sporządzenia planu to zamiast ", w terminie:" byłoby "opracowanego w terminie:".