Nie oznacza to jednak, że KSeF obejmie każdego. Przepisy przewidują pięć wyjątków, w których obowiązek e-fakturowania nie będzie miał zastosowania. Dotyczą one:
podatników zagranicznych, którzy nie mają siedziby i stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce,
podatników, którzy mają stałe miejsce prowadzenia działalności w Polsce, ale dostawa towaru lub usługi, której dotyczy dana transakcja, ma miejsce z innego kraju,
faktur dokumentujących sprzedaż, które są rozliczane w ramach unijnych procedur szczególnych OSS i IOSS,
faktur dla konsumentów i rolników ryczałtowych,