Kontrole wzajemnej zgodności to co innego niż kontrole dobrostanu zwierząt. Kontrola warunków utrzymania zwierząt (dobrostan) nie ma nic wspólnego z wypłatą dopłat, dane odnośnie tych kontroli nie są przekazywane przez weterynarię do agencji i agencja nie ma nic do tych kontroli. Kontrole wzajemnej zgodności to inna bajka, dane są przekazywane do agencji, bo w wielkim uproszczeniu to agencja typuje gospodarstwa do kontroli i ona dostaje protokół z kontroli w gospodarstwie. Protokoły są przekazywane do agencji bezpośrednio po przeprowadzonej kontroli i tylko od agencji zależy kiedy naliczą dopłatę.
Jedynie niewielka cześć kontroli wzajemnej zgodności obejmuje zagadnienia związane z dobrostanem zwierząt.