W przypadku podatników prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów, podstawą do zaliczenia zapłaconej zaliczki w koszty, będzie dopiero faktura końcowa.
Jeśli natomiast chodzi o naliczony podatek VAT w związku z fakturą zaliczkową, to podatnikowi przysługuje prawo do jego odliczenia na zasadach ogólnych, czyli już w momencie jej otrzymania. Fakturę zaliczkową kupujący, tak jak i sprzedawca, ewidencjonuje więc w rejestrze VAT, natomiast w KPiR dokonuje dopiero rozliczenia na podstawie otrzymanej faktury końcowej.